하나씩 차근차근 답변을 드려보겠습니다^^

1. 이런 식으로 문장 중간중간 엔터가 입력되어 있는 경우에는 중간에서 계속 선택구간 텍스트만을 반복하는 경우가 발생하였습니다 ㅠㅠ

이건 제 프로세스의 버그입니다ㅜ (부끄럽습니다.)
답변 마지막의 수정된 프로그램을 참고해 주시기 바랍니다.

2. 그리고 단이 나눠져 있는 문서의 경우에는 "MoveDown"을 사용할 경우에는 한 쪽 단 만을 점검하고 내려가게 되는 것 같아 이 부분도 혹시 반영할 코드를 짤 수 있을까요??

간단합니다. hwp.Run("MoveDown") 대신

hwp.Run("MoveLineEnd")
hwp.Run("MoveNextPosEx")

방식으로 두 줄로 입력하시면 다단 건너뛰기 없이 수행됩니다.

3. 첫 시작이 표인경우에는 "MoveDown"을 사용하면 표 안으로 들어가는게 아니라 그 다음줄로 이동하는데 이것도 방법이 있을까요..??

가능은 합니다. 표 앞에서 hwp.FindCtrl() 및 hwp.Run("ShapeObjTableSelCell");hwp.Run("Calcel")을 실행하면 됩니다.

그런데 커서를 옮길 때마다 매번 표가 있는지 탐색하는 것은 비효율적이라고 생각이 되어서,
본문 자간조정 후에 아예 컨트롤을 싹 모아다가 자간조정하는 방식을
아래처럼 구현해보았습니다.

120줄 정도로 다소 깁니다.
차근차근 읽어보시고 나서 원하시는 문서에 적용해 보신 뒤에
결과나 오류를 알려주시면 적극 보완하도록 하겠습니다.

테스트 케이스를 만드는 게 쉽지 않아서
이것저것 만들어 적용해보았는데
예외가 훨씬 많을 것 같아서 불안합니다.

import os
from tkinter.filedialog import askopenfilenames

import win32com.client as win32


def 한글_시작():
    """
    아래아한글 시작 함수
    """
    hwp = win32.gencache.EnsureDispatch("hwpframe.hwpobject")
    hwp.XHwpWindows.Item(0).Visible = True
    hwp.RegisterModule("FilePathCheckDLL", "FilePathCheckerModule")
    return hwp


def 파일선택():
    """
    파일선택 함수
    """
    filelist = askopenfilenames(title="수정할 한/글문서를 모두 선택해주세요.",
                     initialdir=os.getcwd(),
                     filetypes=[("한/글파일", "*.hwp *.hwpx")])
    return filelist


def 현재선택영역_글자수():
    """
    자간자동조정 함수에서
    라인 끝에 걸쳐진 단어의
    앞뒤길이를 각각 계산하기 위함.
    """
    hwp.InitScan(Range=0xff)
    _, text = hwp.GetText()
    hwp.ReleaseScan()
    return len(text)


def 자간자동조정():
    """
    모든 라인을 순회하면서
    끝에 걸쳐친 단어를 탐색함.

    잘린 단어의 앞이 길면
    라인 전체의 자간을 줄이고,

    잘린 단어의 뒤가 길면
    라인 전체의 자간을 늘임.

    한 줄 문단이 되거나
    걸쳐진 단어가 없으면 종료.
    """
    while True:
        hwp.Run("MoveLineEnd")
        hwp.Run("MoveSelWordBegin")
        앞부분길이 = 현재선택영역_글자수()
        if 앞부분길이 == 0:  # 단어가 잘려있지 않으면 자간조정 중지
            break
        hwp.Run("MoveSelWordEnd")
        뒷부분길이 = 현재선택영역_글자수()
        if not (앞부분길이 and 뒷부분길이):  # 한 줄 문단이면 자간조정 중지
            hwp.Run("Cancel")
            break
        hwp.Run("MoveWordBegin")
        hwp.Run("MoveLineEnd")
        hwp.Run("MoveSelLineBegin")
        if 앞부분길이 >= 뒷부분길이:  # 앞이 길면
            hwp.Run("CharShapeSpacingDecrease")  # 라인 자간 -1%
        else:  # 뒤가 길면
            hwp.Run("CharShapeSpacingIncrease")  # 라인 자간 +1%
        hwp.Run("Cancel")


def 컨트롤_내부_자간조정():
    """
    표나 글상자 등 텍스트가 들어가는
    모든 영역의 자간을 조정하기 위함
    """
    area = 2
    while True:
        hwp.SetPos(area, 0, 0)
        if hwp.GetPos()[0] == 0:
            break
        while True:
            자간자동조정()
            hwp.Run("MoveLineEnd")
            hwp.Run("MoveNextPosEx")
            if hwp.GetPos()[0] == 0:
                break
        area += 1


def 끝위치추출():
    """
    본문 탐색 while문의 종료 조건으로
    "문서 끝에 도착하면 반복종료"를 구현하기 위해
    문서 끝 위치를 미리 추출해 둠
    """
    hwp.Run("MoveDocEnd")
    end_pos = hwp.GetPos()  # 종료위치 저장
    hwp.Run("MoveDocBegin")
    return end_pos


if __name__ == '__main__':
    hwp = 한글_시작()
    파일목록 = 파일선택()
    for 파일 in 파일목록:
        hwp.Open(파일)
        끝위치 = 끝위치추출()

        # 본문 자간조정
        while hwp.GetPos() != 끝위치:
            자간자동조정()
            hwp.Run("MoveLineEnd")
            hwp.Run("MoveNextPosEx")

        # 표 및 글상자 자간조정
        컨트롤_내부_자간조정()
        print("자간조정 작업 끝!")
        hwp.SaveAs(Path=hwp.Path.replace(".hwp", "(자간조정).hwp"), Format=hwp.XHwpDocuments.Item(0).Format)

어느 정도 프로그램 보완이 완성되는 것 같으면
강의 말미에 설명영상을 추가하도록 하겠습니다.

부디 도움이 되었길 바라고,
질문 전혀 많지 않았는데요?^^
오히려, 배려를 담아 질문해 주셔서 감사한 마음이 컸습니다.

행복한 하루 되세요^^