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안녕하세요,
비슷한 질문이 이 링크에 나와 있습니다.
코드 상의 문제가 아닌 컴파일러나 쉘의 문제로 보입니다.
(위 링크에서도 쉘에서 개행을 할 때 %를 출력하는 것으로 판단하였습니다)
fclose 전에 putchar('\n'); 를 넣어보시고 %가 출력되는지 확인해보세요.
덧붙여,
(일전에도 비슷한 답변을 드리긴 했습니다만)
코드 상의 문제가 아닌 경우에는 제한적인 정보 만으로 답변을 드리기 어렵습니다.
질문자님의 컴퓨터 환경 (사용하시는 컴퓨터와 운영체제, 컴파일러, 쉘)을 알기 어렵기 때문입니다.
올려주신 글만 보고는 정확한 판단이 어렵다는 점 양해 부탁드립니다.
감사합니다.