해결된 질문
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폴더 아이콘에 점이 있고 없고는 pycharm이 해당 폴더를 package로 인식하느냐 아니냐에 따라 달려있다고 합니다. 저도 저 점의 정체를 지금 알았어요. 매일 봤지만 생각지도 못했네요. 방금 저도 검색해서 찾아봤습니다.
https://www.jetbrains.com/help/pycharm/symbols.html
그런데, 그 점이 있고 없고는 pycharm의 문제이므로 장고가 db.sqlite3를 인식하지 못한다거나 가상환경 폴더를 인식하지 못하거나 하는 문제는 발생하지 않습니다. 큰 문제가 아니므로 그대로 진행하셔도 좋을 듯합니다.
혹시 또 다른 문제가 발생한다면 말씀해주세요.