babel-loader 만 webpack.config.js에 설정하면 제가 적었던 babel.config.js는 저절로 인식이되는것인가요?

네 그렇습니다. 로더 옵션에 추가된 값은 바벨 옵션과 합쳐진다고 하네요.<blockquote>The options passed here will be merged with Babel config files, e.g. babel.config.js or .babelrc.</blockquote>이 문서를 참고하면 도움이 되실 겁니다.<ul><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer nofollow" href="https://webpack.js.org/loaders/babel-loader/">https://webpack.js.org/loaders/babel-loader/</a></li></ul>

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webpack에서 babel-loader 사용할때 질문